气体挥发造成的养分损失
有机肥在腐熟过程中里面的氮会转化为氨气，造成挥发损失，因此在腐熟的时候一定要用无破损的塑料薄膜覆盖严密。并且堆积腐熟时间切不可过长，腐熟完毕后尽快使用。
化学反应造成的养分损失
人粪尿和草木灰就是个例子。现在仍有不少的菜农为了防止人粪尿引来苍蝇或发出异味就在人粪尿里倒上些草木灰。草木灰是含有大量碳酸钾的，pH值显碱性；而人粪尿属酸性有机肥，所以二者相遇，酸碱中和，养分大量损失。
养分随水渗漏而损失
像稻壳粪、鸭粪、牛粪这一类等，老百姓们为了能更容易腐熟会在堆粪上浇水，但是往往由于底下没做好防渗漏的措施而致使营养元素随水渗漏而损失。所以下面一定要铺设塑料薄膜阻挡养分随水渗漏，此外洒水一定要适量。（中肥）
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